Kariera szkoleniowa W czerwcu 2016 został menadżerem występującego w Football League Championship Reading F.C.. Z zespołem pracował do 2018 roku. 28 grudnia 2018 został trenerem PEC Zwolle, a od 1 czerwca 2019 rozpocznie pracę w zespole Feyenoordu.
Kariera reprezentacyjna Stam zadebiutował w kadrze narodowej Holandii 24 kwietnia 1996 roku w wygranym 1:0 meczu przeciwko Niemcom. Od tej pory zawsze był ważnym ogniwem w reprezentacji. EURO 2000 rozgrywane było w ojczyźnie Jakoba, Holandii, oraz Belgii. W półfinale współgospodarze imprezy podejmowali Włochów. Po wyrównanym meczu, zakończonym wynikiem 0:0, doszło do serii rzutów karnych. W ekipie „Pomarańczowych” jedenastek nie wykorzystało aż trzech graczy: Frank de Boer, Paul Bosvelt oraz właśnie Stam. Włosi skrzętnie to wykorzystali i wygrali 3:1. Jakob zakończył przygodę z reprezentacją po EURO 2004. Swoją decyzję argumentował chęcią poświęcenia się rodzinie (żonie Ellis i ich czwórce dzieci) i skupieniu na grze w Milanie. W reprezentacji Holandii rozegrał łącznie 67 spotkań, strzelając 3 bramki.