Kariera trenerska 13 czerwca 2016 roku został mianowany trenerem klubu Reading z Championship na podstawie dwuletniego kontraktu. Pierwszy sezon w klubie zakończył sukcesem, doprowadzając drużynę do baraży. 4 lipca 2017 r. Stam podpisał nową, dwuletnią przedłużenie kontraktu z Reading, dzięki czemu miał pozostać w klubie do 2019 r. 21 marca 2018 r. Reading ogłosiło, że Stam opuścił klub ze skutkiem natychmiastowym po serii jednego zwycięstwa w 18 meczach ligowych, w wyniku której drużyna znalazła się na 20. miejscu w tabeli ligowej.
28 grudnia 2018 roku Stam został mianowany nowym trenerem PEC Zwolle z Eredivisie na podstawie półtorarocznej umowy.
6 marca 2019 roku Feyenoord ogłosił, że zastąpi Giovanniego van Bronckhorsta na stanowisku nowego trenera drużyny. Podpisał dwuletni kontrakt, który wszedł w życie 1 czerwca 2019 roku. Po porażce 0:4 z Ajaxem Stam złożył rezygnację 28 października 2019 roku, mówiąc: „Długo się nad tym zastanawiałem. Moja ostateczna konkluzja jest taka, że dla klubu, zawodników i dla mnie samego lepiej będzie, jeśli ustąpię”. 21 maja 2020 r. FC Cincinnati ogłosił, że zastąpi tymczasowego trenera Yoanna Dameta. Podpisał on półtoraroczny kontrakt.15 lipca wygrał 1:0 w swoim debiucie przeciwko drużynie Atlanta United FC, którą prowadził jego były kolega z reprezentacji Frank de Boer.