Wczesnym popołudniem ojciec święty przybył do Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach, gdzie po modlitwie przed relikwiami św. Faustyny spotkał się z dwoma tysiącami chorych i niepełnosprawnych. Wieczorne uroczystości rozpoczęły się na Wawelu, gdzie przy dźwiękach dzwonu Zygmunta papież trwał na modlitwie przy konfesji św. Stanisława. Następnie Benedykt XVI udał się na krakowskie Błonia na centralne spotkanie z młodzieżą, w którym uczestniczyło około 600 tysięcy osób. W nawiązaniu do motta „Tu es Petrus”, papież wezwał młodych do budowania życia na skale, którą jest Chrystus. Podczas tego wydarzenia ojciec święty pobłogosławił również kamień węgielny pod budowę Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”. Dzień zakończył się tradycyjnym, choć nieplanowanym wystąpieniem w oknie kurii metropolitalnej przy ul. Franciszkańskiej 3, gdzie papież podziękował zgromadzonym za wieczór świadectwa wiary.
Niedziela, 28 maja 2006 thumb|300px|Pielgrzymi na krakowskich Błoniach Ostatni dzień podróży apostolskiej rozpoczął się od uroczystej mszy świętej na krakowskich Błonach, w której uczestniczyło około 900 000 wiernych.