W wygłoszonej homilii Benedykt XVI wyraził wzruszenie z powodu sprawowania Eucharystii w miejscu wielokrotnie nawiedzanym przez jego poprzednika, wyznając, że miasto Karola Wojtyły stało się również jego Krakowem, co zgromadzeni przyjęli entuzjastycznymi okrzykami. Liturgię koncelebrowało około 1900 duchownych z Polski i 16 innych państw, a po jej zakończeniu papież odmówił z wiernymi modlitwę Regina Coeli. Przed opuszczeniem rezydencji przy ul. Franciszkańskiej ojciec święty raz jeszcze ukazał się w oknie Pałacu Arcybiskupiego, by w osobistych słowach pożegnać się z młodzieżą, dziękując za jej obecność i zapraszając do przyszłych spotkań w Rzymie oraz w Krakowie.
Popołudniowa część wizyty miała charakter pokutny i odbyła się na terenie byłego niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz-Birkenau. Benedykt XVI samotnie i w milczeniu przekroczył bramę z napisem Arbeit macht frei, po czym udał się do bloku 11 oraz pod Ścianę Straceń. Po osobistym przywitaniu się z byłymi więźniami, papież modlił się w celi śmierci św. Maksymiliana Marii Kolbego. W drugiej części wizyty, na terenie obozu Birkenau, ojciec święty uczestniczył w wielojęzycznej modlitwie, podczas której wygłosił przemówienie będące wołaniem o przebaczenie i pojednanie. Było to jedyne oficjalne wystąpienie papieża w języku niemieckim podczas całej podróży.