Ajax Amsterdam Babangida dołączył do Ajaxu latem 1996 roku. Został zakupiony przez klub z Amsterdamu za 5 milionów dolarów. Wystąpił w 29 ligowych meczach, strzelając 4 gole w swoim pierwszym sezonie w nowym zespole. Babangida odegrał ważną rolę w meczach Ajaxu w europejskich pucharach. Strzelił 3 gole, między innymi przeciwko AJ Auxerre w fazie grupowej i zwycięski gol w ćwierćfinale Ligi Mistrzów z Atlético Madryt na Estadio Vicente Calderón, co dało Ajaxowi awans do półfinału tych rozgrywek.
W drugim sezonie pomógł on w wywalczeniu przez Ajax kolejnego mistrzostwa Holandii z 39 punktową przewagą nad PSV Eindhoven. Podczas gdy jego 13 ligowych goli w 26 meczach uczyniły go trzecim strzelcem zespołu, za Gruzinem Szotą Arweladze i fińskim napastnikiem Jarim Litmanenem. Ajax zdobył drugie trofeum zwyciężając 5:0 PSV Eindhoven w finale Pucharu Holandii, w którym Nigeryjczyk strzelił pierwszego gola.