Pod koniec 1998 roku los Babangidy zaczął ulegać zmianie. Stopniowo zaczął tracić miejsce w składzie, gdyż Morten Olsen szukał sposobu na niekonsekwentne występy drużyny w lidze i w europejskich pucharach. Babangida rozpoczął dwa mecze w wyjściowej jedenastce w rozgrywkach Ligi Mistrzów. Jednak zespół zajął ostatnie miejsce w grupie, przegrywając z Olympiakosem, Dinamo Zagrzeb i FC Porto. Łącznie Babangida wystąpił w 18 ligowych meczach w dla Ajaxu w tym sezonie, zaczynając mecze w wyjściowej jedenastce siedmiokrotnie. Nie odegrał on także dużej roli w finale Pucharu Holandii, gdzie Ajax zdołał obronić trofeum pokonując Fortunę Sittard.
W sezonie 1999/2000 Babangida występował jeszcze rzadziej niż rok wcześniej, grając w 8 ligowych spotkaniach. W pierwszej połowie sezonu 2000/2001 nie wystąpił w żadnym meczu. W trakcie trwania rozgrywek, Ajax doszedł do porozumienia z tureckim klubem Gençlerbirliği, występującym w Süper Lig, który wypożyczył Babangidę na pół roku do końca sezonu.