do 1940 roku zajmowały się prowadzeniem ochronki dla dzieci, zamkniętej w czasie wojny przez Niemców. Od 1938 roku miasto administracyjnie przyłączono do województwa poznańskiego. We wrześniu 1939 roku w dworku w pobliskiej wsi Leszcze przebywał oddział Armii Poznań z generałem, Tadeuszem Kutrzebą, oczekujący na spotkanie z generałem Bortnowskim. Do spotkania nie doszło, obaj panowie spotkali się wkrótce w Mchówku. W Leszczach zapadła decyzja o zorganizowaniu bitwy nad Bzurą. W kwietniu 1940 roku wykonano egzekucję w Katyniu, w którym śmierć ponieśli również Kłodawiacy. W okresie okupacji niemieckiej Niemcy wprowadzili nową nazwę miasta, Tonningen (w latach 1940–1945) oraz utworzyli getto żydowskie. W 1941 roku w obozie zagłady, Kulmhof w Chełmnie nad Nerem Niemcy zamordowali ponad 1500 kłodawskich Żydów. W 1943 roku w Dachau zamordowano proboszcza parafii w Kłodawie, księdza Teofila Choynowskiego. 19 stycznia 1945 roku do Kłodawy wkroczyła Armia Czerwona. mały|Pomnik Poległych na rynku w centrum miasta Okres powojenny i historia współczesna mały|Podziemna trasa turystyczna w Kłodawie W latach 1945–1949 do Kłodawy przybywały Siostry Wspólnej Pracy od Niepokalanej Maryi. Rok później otwarto tu pierwszą miejską bibliotekę „Wiedza”. W 1949 roku rozpoczęto budowę kopalni soli, a w 1956 roku rozpoczęto eksploatację.