W 1818 roku rozebrano kolegiatę Świętego Idziego, a cegły z jej rozbiórki wykorzystano na budowę budynku ratusza miejskiego. Zabytkowa drewniana dzwonnica, znajdująca się przy zlikwidowanym kościele, została przeniesiona na cmentarz parafialny. W 1866 roku nastąpiła kasacja zakonu kanoników regularnych laterańskich, a wkrótce Kłodawa utraciła prawa miejskie. W 1897 roku powstała pierwsza świecka szkoła (obecnie Gimnazjum nr 1 im. Świętego Jana Pawła II). W 1901 roku zbudowano kościół pw. Świętego Dominika w Bierzwiennej Długiej, który konsekrowano trzy lata później.
W latach 1890–1907 mieszkał w Kłodawie Michał Rawita-Witanowski.
Lata wojen światowych oraz dwudziestolecie międzywojenne Kłodawa została wyzwolona przez Polską Organizację Wojskową 9 listopada 1918 roku. Trzy lata później w wyniku pożaru spłonęło 130 budynków mieszkalnych, a dach nad głową straciło 85 rodzin. W 1922 roku oddano do użytku linię kolejową Kutno-Strzałkowo, przebiegającą w odległości 4 km od Kłodawy. Trzy lata później Kłodawa odzyskała prawa miejskie. Najważniejszymi inwestycjami okresu międzywojennego była elektryfikacja miasta i regulacja Rgielewki. W 1936 roku do Bierzwiennej Długiej przybyły Siostry Wspólnej Pracy od Niepokalanej Maryi;