Zygmunt III Waza zezwolił na budowę mostu na rzece Rgilewce. W latach 1516–1762 kłodawska szkoła kolegiacka stała się filią Akademii Krakowskiej. W 1539 roku tutejsi rzemieślnicy tworzyli cechy: kowali, ślusarzy, mieczników, rymarzy, igielników, kotlarzy, siodlarzy, konwisarzy i czapników. W czasie potopu szwedzkiego Kłodawa została doszczętnie zniszczona i mimo pomocy władców nie była w stanie przez bardzo długi okres wrócić do dawnej świetności. Ruinę przypieczętowała zaraza w 1708 roku. W latach 1718–1755 budowano w mieście kościół parafialny, obecnie pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny w Kłodawie. Ostatnie łaski nadawał miastu Stanisław August Poniatowski. Według niektórych źródeł, w 1788 roku wybuchło tu 151 pożarów.
W roku 1793 znajduje się na ziemiach zabranych II zaborem pruskim. W tym samym roku w miejscowości było czynnych pięć wiatraków i olejarnia. W 1807 roku wchodzi w skład Księstwa Warszawskiego, a w 1815 roku – Królestwa Polskiego, odtąd pod zaborem rosyjskim.