W bocznych nawach, znacznie mniejszych i wspartych na czterech potężnych filarach, znajduje się sześć ołtarzy również polichromowanych i złoconych.thumb|left|200px|Ołtarz głównyWszystkie obrazy w nawach bocznych namalowane zostały przez Szymona Czechowicza. Na ścianach po obu stronach wejścia dwa portrety małżonków Branickich, Jana Klemensa i Izabeli z Poniatowskich autorstwa Augusta Mirysa – nadwornego malarza Branickich. Polichromie sklepień nawy głównej i naw bocznych są dziełami Władysława Drapiewskiego z lat 1910–1912, wykonanymi zgodnie z trendami malarstwa XVIII w. Konfesjonały, bogato zdobiona ambona i chrzcielnica pochodzą z ok. 1750 r.
Nad kruchtą rozciąga się balkon chóralny z rokokowymi organami. Zbudowane one zostały około 1760 r. podobnie jak towarzyszący kościołowi zespół klasztorny z fundacji Jana Klemensa Branickiego. Organy odrestaurowane zostały w latach 1997–1999.
W kościele znajduje się kielich, którego papież Jan Paweł II używał w czasie mszy świętej podczas swojej pielgrzymki do Łomży w 1991 roku.