Sukcesy i porażki W debiucie pierwszoligowym drużyna Portowców przegrała u siebie z Gwardią Warszawa 0:1. Pierwsze sezony w ekstraklasie nie były udane. W 1959 roku Pogoń zajęła 10. miejsce (na 12 zespołów), zaś w kolejnym – ostatnie i spadła do II ligi. Od 1961 roku w klubie postawiono na pracę z młodzieżą, a szczególne zasługi położyli trenerzy Zbigniew Ryziewicz i Florian Krygier.
W 1962 roku Pogoń powróciła do I ligi i grała w niej trzy sezony. W sezonie 1962/63 (pierwszych rozgrywkach po zmianie systemu na jesień – wiosna) napastnik Pogoni Marian Kielec został królem strzelców I ligi. Do II ligi Pogoń spadła w 1964 r., ale tylko na rok. Po ponownym awansie grała w I lidze przez 13 sezonów: był to najdłuższy nieprzerwany okres gry Pogoni w I lidze, a najwyższym miejscem była 4. pozycja w sezonie 1970/71. Rywalizację o medal Pogoń przegrała wtedy tylko różnicą bramek, porażka 1:3 w ostatnim meczu z Szombierkami w Bytomiu spowodowała spadek z 3. miejsca na 4. (do utrzymania pozycji na podium wystarczał remis).