Pogoń spadła do II ligi w roku 1979. Wróciła do ekstraklasy po dwóch sezonach, a lata 80. XX w. to czasy największych sukcesów klubu. Równocześnie z powrotem do I ligi Pogoń awansowała w 1981 r. do finału Pucharu Polski, rok później dokonała tego ponownie, ale w obu przypadkach minimalnie uległa rywalom: w roku 1981 Legii Warszawa 0:1 (po dogrywce), a w 1982 Lechowi Poznań 0:1.
W 1984 roku Pogoń, trenowana wówczas przez Eugeniusza Ksola, po raz pierwszy w swej historii zajęła miejsce na podium. Trzecie miejsce było przepustką do występów w europejskich pucharach (Puchar UEFA). W swoim debiucie Duma Pomorza wylosowała 1. FC Köln, w szeregach którego występowali reprezentanci RFN, m.in. Harald „Toni” Schumacher, Pierre Littbarski i Klaus Allofs. 19 września 1984 roku w Kolonii, Pogoń mimo niezłej gry i okazji bramkowych, przegrała 1:2 (bramka dla Pogoni po samobójczym trafieniu Uwe Haasa). 3 października w Szczecinie przegrała 0:1, nie wykorzystując m.in. dwóch rzutów karnych i odpadła w pierwszej rundzie. Klub występował też w Pucharze Intertoto, dwukrotnie wygrywając grupę (w latach 80. były to tylko rozgrywki grupowe, bez dalszych rund), przy czym w 1983 r. w pokonanym polu zostawił m.in.