W 2002 roku zakończył karierę.
Kariera reprezentacyjna W latach 1983–1984 Thon rozegrał 10 spotkań i zdobył 4 bramki w reprezentacji RFN U-18, a pomiędzy 1984 rokiem a 1985 rokiem zagrał 3 razy i strzelił 2 gole w reprezentacji RFN U-21. W seniorskiej kadrze RFN Thon zadebiutował 16 grudnia 1984 roku w wygranym 3:2 meczu eliminacji mistrzostw świata 1986 z Maltą.
W 1986 roku znalazł się w kadrze na mistrzostwa świata. Nie zagrał jednak na nich ani razu, a reprezentacja RFN zakończyła mundial na 2. miejscu. 24 września tego samego roku w wygranym 2:0 towarzyskim pojedynku z Danią Thon zdobył pierwszego gola w drużynie narodowej.
W 1988 roku został powołany do kadry na mistrzostwa Europy. Wystąpił na nich w spotkaniach z Włochami (1:1), Danią (2:0), Hiszpanią (2:0) i Holandią (1:2). W meczu z Danią strzelił także gola. Tamten turniej RFN zakończył na półfinale.
W 1990 roku ponownie wziął udział w mistrzostwach świata. Zagrał tam w pojedynkach z Kolumbią (1:1) i Anglią (1:1, 4:3 w rzutach karnych). Zespół RFN został triumfatorem tamtego mundialu.
W 1998 roku Thon po raz trzeci w karierze był uczestnikiem mistrzostw świata. Zaliczył tam 3 spotkania: ze Stanami Zjednoczonymi (2:0), Jugosławią (2:2) oraz Iranem (2:0).