Ponad kruchtą znajduje się chór muzyczny, na którym nowe, potężne organy z 2001 roku, zwieńczone herbem arcybiskupa Juliusza Paetza. Pod emporą znajdują się przeniesione z kościoła w nieistniejącej już dziś wsi Chojnica (obecnie ruiny na poligonie w Biedrusku): nagrobek Jana Przecławskiego (zm. 1540), wspólny nagrobek Janusza Przecławskiego (zm. 1595) i Anny z Sadów Przecławskiej (zm. 1598) oraz epitafium Piotra Przecławskiego (zm. 1555). Powyżej znajduje się witraż projektu Wacława Taranczewskiego, wykonany przez Zygmunta Kośmickiego z 1966 roku przedstawiający przekazanie kluczy św. Piotrowi. mały|left|Portrety trumienne nad wejściem do zakrystii prałackiej W północnej nawie bocznej, przy jej zachodnim krańcu, znajduje się wmurowana w ścianę kamienna płyta nagrobna dziekana kapituły poznańskiej Adama Dąbrowskiego (zm. 1494), dalej na wschód znajduje się nagrobek kantora Wawrzyńca Kierskiego (zm. 1595). Kolejny nagrobek, położony jeszcze bardziej na wschód, należy do kanonika i wikariusza generalnego Michała Sławińskiego (zm. 1605). Nad nim zaś znajduje się kopia miecza świętego Piotra, którego oryginał przechowywany jest w Muzeum Archidiecezjalnym. Na północ od miecza, nad wejściem do zakrystii znajduje się kolekcja portretów trumiennych z XVIII wieku. W ambicie przy zakrystiach znajduje się nagrobek Benedykta Izdbieńskiego.