Za tronem biskupim flamandzki gobelin z XVII wieku.
Na ścianach prezbiterium znajdują się późnogotyckie rzeźby ukazujące: św. Piotra, św. Pawła oraz dwóch niezidentyfikowanych ewangelistów oraz Matkę Bożą z Dzieciątkiem na obłokach.
Ambonę z XVIII wieku i chrzcielnicę (z 1720 roku) sprowadzono z poewangelickiego kościoła w Miliczu. Na ambonie znajduje się pięć płaskorzeźb ukazujących sceny z życia Chrystusa, zaś na baldachimie czterech ewangelistów i Chrystus Zbawiciel. Misę chrzcielnicy podtrzymuje natomiast anioł, zaś pokrywę zdobi przedstawienie Boga Ojca oraz woluty.
Pierwsze pięć witraży w prezbiterium, licząc od strony południowej, wykonała pracownia Stanisława Powalisza i Marii Powalisz-Bardońskiej według projektu Wacława Taranczewskiego w latach 1967–1968, zaś dwa pozostałe projektu i autorstwa Marii Powalisz-Bardońskiej powstały w latach 1974–1977.
Na prawym filarze prezbiterium, przy nawie znajduje się tablica upamiętniające wizytę Jana Pawła II w katedrze oraz jego spotkanie z poznańskim duchowieństwem.