W marcu 1949 przejął obowiązki szefa sztabu Warszawskiego Okręgu Wojskowego.
13 maja 1950 został aresztowany. Tego samego dnia zatrzymani zostali również generałowie Jerzy Kirchmayer i Stefan Mossor. Przez dwa lata był poddawany brutalnemu śledztwu. Oskarżającym w procesie gen. Józefa Kuropieski był płk Stanisław Zarakowski. Przewodniczącym składu orzekającego Najwyższego Sądu Wojskowego był płk Piotr Parzeniecki. Jako świadkowie oskarżenia wystąpili: płk Józef Jungraw, płk Franciszek Skibiński, mjr Kornel Dobrowolski, mjr Władysław Roman, gen. bryg. Stanisław Tatar, płk Bernard Adamecki, płk Szczepan Ścibor, gen. bryg. Franciszek Herman, płk Maksymilian Chojecki i płk Adam Jaworski. 25 czerwca 1952 skazany został na karę śmierci, pozbawienie praw publicznych i honorowych praw obywatelskich na zawsze oraz przepadek całego posiadanego mienia. Wyrok wydano na niejawnym posiedzeniu Najwyższego Sądu Wojskowego. Po ogłoszeniu wyroku Józef Kuropieska, aby ratować życie, włączył się do rozprawy przygotowywanej przeciwko Marianowi Spychalskiemu. Swoją decyzję o podjęciu współpracy z organami bezpieczeństwa tłumaczył tym, że obciążając Mariana Spychalskiego, chciał doczekać jego procesu, na którym mógłby publicznie zaprotestować wobec działań Głównego Zarządu Informacji.