Przebywał w oczekiwaniu na wykonanie wyroku w więzieniu mokotowskim w Warszawie. 23 czerwca 1954 Najwyższy Sąd Wojskowy uchylił wyrok skazujący go na karę śmierci i przekazał sprawę do ponownego rozpatrzenia sądowi I instancji. W grudniu 1955 Kuropieska został zwolniony z więzienia, ze statusem „więźnia na przepustce”. Śledztwo przeciwko niemu, z braku dowodów, umorzono w styczniu 1956. W marcu został zrehabilitowany. Komisja Mazura stwierdziła wiele nieprawidłowości w przebiegu procesu Kuropieski.

thumb|Grób gen. Józefa Kuropieski na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie W czerwcu 1956 powrócił do czynnej służby wojskowej. Objął stanowisko redaktora naczelnego powstającego kwartalnika wojskowego „Wojskowego Przeglądu Historycznego”. W listopadzie 1956 został mianowany dowódcą Warszawskiego Okręgu Wojskowego (którym pozostał do 1964). Był jednym z głównych twórców 6 Pomorskiej Dywizji Powietrznodesantowej. W tworzeniu dywizji korzystał z doświadczeń żołnierzy 1 Samodzielnej Brygady Spadochronowej. W styczniu 1964 objął stanowisko komendanta Akademii Sztabu Generalnego. Był autorem i propagatorem szeregu nowatorskich koncepcji w nauczaniu słuchaczy Akademii, często wzorował się na przedwojennej WSWoj. Sprzeciwiał się antysemickiej czystce przeprowadzonej w 1967 w Wojsku Polskim.