Austria poniosła klęskę nad Dunajem, a arcyksiążę został pokonany przez Massenę w bitwie pod Caldiero. Po zawarciu pokoju rozpoczął aktywne prace nad reorganizacją armii, którą po raz pierwszy przetestował na polu bitwy w 1809 roku. lewo|mały|Karol Habsburg podczas Bitwy pod Aspern-Essling W 1806 roku Franciszek II Habsburg mianował arcyksięcia Karola, już feldmarszałka, naczelnym dowódcą armii austriackiej i szefem Rady Wojennej. Wspierany prestiżem jedynego generała, który okazał się zdolny do pokonania Francuzów, natychmiast zainicjował dalekosiężny plan reform, który zastąpił przestarzałe metody XVIII wieku. Głównymi cechami nowego porządku było przyjęcie zasady narodu pod bronią oraz przyjęcie francuskiej organizacji i taktyki wojennej. Reformy armii nie zostały jeszcze zakończone przed wojną z 1809 roku, w której Karol działał jako naczelny dowódca, ale mimo to okazała się ona o wiele groźniejszym przeciwnikiem niż stara i została pokonana dopiero po desperackiej walce, w której zwyciężyli Austriacy i ponieśli duże straty w ludziach po obu stronach.