W 1570 decyzją księcia pomorskiego Jana Fryderyka prawnymi opiekunami sióstr Borcke zostali Martin i Hasso von Wedel.
Dalsze losy Sydonii to ciągłe procesy sądowe, począwszy od dochodzenia spadku po rodzicach, a potem po siostrze, liczne zatargi i konflikty z sąsiadami, w końcu proces o czary. Początkowo zamieszkała w Szczecinie, gdzie została wciągnięta w proces o zniesławienie księcia Jana Fryderyka oraz malwersacje finansowe. Potem mieszkała kolejno w Stargardzie, Krępcewie, Chociwlu, Resku i Marianowie. Dwukrotnie traciła majątek w wyniku pożaru domów w Stargardzie i w Resku. Z akt sądowych wynika, że od młodości nie miała stałego miejsca zamieszkania, była konfliktowa i agresywna. Początkowo przyjaźni jej sędziowie stawali się coraz mniej przychylni. Nie udało się jej uzyskać spadku po siostrze, stale miała kłopoty finansowe, była prześladowana przez ludzi najprawdopodobniej nasyłanych przez brata. Aby wymusić na bracie wypłatę posagu, postanowiła wyjść za mąż. Miała co najmniej 15 narzeczonych, nawet będąc w podeszłym wieku, do ślubu jednak nie doszło.
W 1604 na wniosek krewnych została przyjęta do klasztoru w Marianowie. Z racji wieku została zastępczynią przełożonej, lecz po roku pozbawiono ją funkcji. Uznano ją za konfliktową i zgryźliwą.