Wszczynała liczne procesy sądowe i przysparzała sobie coraz więcej wrogów.
Coraz częściej odgrażała się ludziom, wiele jej przepowiedni się sprawdzało. Otaczała się zwierzętami, kontaktowała z zielarkami, interesowała się właściwościami ziół, udzielała porad lekarskich. Wynikiem tego została oskarżona o czary – po raz pierwszy w 1612. Najpoważniejszym z zarzutów było oskarżenie o rzucenie klątwy na rodzinę książąt pomorskich z rodu Gryfitów – po rozstaniu z Ernestem Ludwikiem miała przepowiedzieć, że nie minie 50 lat, jak ród księcia wyginie. Uznano to za przestępstwo polityczne, zwłaszcza w kontekście niewyjaśnionych zgonów kolejnych książąt. Ostatni – Bogusław XIV – zmarł bezpotomnie w 1637.
Proces i śmierć Sydonia była więziona w Marienfließ, skąd próbowała uciec. Próbowała również popełnić samobójstwo, lecz i to się nie powiodło.Rudolph (2004), p. 161. 18 listopada 1619 roku została przeniesiona do więzienia w Szczecinie.
W grudniu postawiono jej 72 zarzuty. Najważniejsze z nich to: