Wyrok śmierci odczytano jej, gdy była ciągnięta na miejsce egzekucji, a jej ciało „rozpruto” czterokrotnie sczypcami.

Gdy Sydonia odwołała swoje zeznania, 16 sierpnia poddano ją kolejnym torturom.

1 września 1620 roku zapadł ostateczny wyrok. Sydonię skazano na śmierć przez ścięcie i późniejsze spalenie jej ciała. Wyrok wykonano w Szczecinie, przed bramą młyńską.Inachim (2008), p. 65. Dokładna data jej śmierci nie jest znana.Riedl (2004), p. 150.

Upamiętnienie Kilkadziesiąt lat po śmierci Sydonii Borck piszący o niej dowodzili jej niewinności. Chętnie powielano jej wizerunek. Stała się bohaterką poczytnych romansów i legend. Jest jedną z najbardziej popularnych postaci pomorskiej literatury i malarstwa. Jej losy są związane z dziejami Pomorza – jego rozbioru i upadku po śmierci księcia Bogusława XIV.

Postać Sydonii Borkówny pojawia się w kaszubskiej powieści „Życie i przygody Remusa”.

Przyjął się zwyczaj, że w rocznicę jej śmierci członkowie Szczecińskiego Towarzystwa Historycznego składają kwiaty w pobliżu miejsca jej stracenia.

W 2010 polski zespół heavymetalowy Crystal Viper umieścił na swym albumie studyjnym „Legends” utwór poświęcony Sydonii zatytułowany „Sydonia Bork”. Losy Sydonii i jej portretów są jednym z wątków debiutanckiej powieści Leszka Hermana pt. „Sedinum.