W 1926 roku, aby nie płacić czynszu dzierżawnego podjęto starania o wykupienie od wojska budynków i gruntu.
5 czerwca 1927 roku miał miejsce wybuch znajdującej się ok. 200 metrów od zakładu prochowni. Dzieci w tym czasie przebywały w jadalni, budynkach mieszkalnych i ogrodzie. W barakach zostały zniszczone stropy i ściany, został całkowicie zniszczony barak administracyjny, a 4 wymagały rozebrania do fundamentów, Niektóre dzieci trzeba było wydobywać spod gruzów, część z nich była ranna, ale żadne z 400 przebywających w zakładzie nie zginęło. Po wybuchu dokonano nowej wyceny terenu i w lipcu 1927 roku Ministerstwo Spraw Wojskowych sprzedało UJ teren i resztki zabudowań za kwotę 113 tysięcy złotych (wcześniej wyceniony na 200 tysięcy). Dodatkowo Uniwersytet dokupił 5 ha przylegającego do terenu zakładu gruntu z przeznaczeniem na uprawy. Podczas odbudowy ocalałe baraki zaadaptowano na cele szpitalne, a na potrzeby zakładu zbudowano nowe budynki według projektu Wacława Krzyżanowskiego. Powstały cztery parterowe pawilony (trzy większe i jeden mniejszy) ustawione symetrycznie. Każdy miał dwa wejścia. Do jednego pawilonu dobudowano salę gimnastyczną, a w 1929 roku ukończono kaplicę. W 1932 roku powstał piętrowy budynek administracyjny.