Magazyny, stajnie i obory ulokowano w osobnych budynkach. Aby nie dochodziło do wtórnych zakażeń dzieci podzielono na 3 grupy: z rozwiniętą jaglica, lekko chore i ozdrowieńców. Dzieci chore nie tylko mieszkały w odizolowanych (ogrodzonych) barakach, ale miały również własny plac zabaw i ogród. Po otwarciu zakładu prowadzono prace remontowe: naprawiono ściany i podłogi, postawiono nowe piece, urządzono kuchnię. Ponieważ były likwidowane agendy KBK w czerwcu 1921 roku biskup Sapieha zaproponował Uniwersytetowi Jagiellońskiemu przekazanie w formie darowizny zakładu wraz z inwentarzem pod warunkiem utrzymania zakładu i wychowywania dzieci w wierze katolickiej. Ofertę przyjęto 1 września 1921 roku. Zmieniono nazwę na „Zakład Leczniczo-Wychowawczy dla Dzieci Jagliczych w Witkowicach”. Zwiększała się ilość dzieci w zakładzie: w 1923–278, w 1925–318, a w 1927–372. Od 1923 roku, po otwarciu podobnego zakładu dla chłopców w Białymstoku do Witkowic kierowano tylko dziewczęta. Ponieważ jaglica nie była chorobą epidemiczną pobyt w zakładzie był płatny. Za dzieci płacili opiekunowie lub sierocińce i zakłady wychowawcze. Aby obniżyć koszty rozwijano samodzielne gospodarstwo. Utrzymywano inwentarz i zatrudniano własnych szewców, stolarzy, krawcowe itd.