Dekret podpisany przez kierownika Wydziału Spraw Wewnętrznych w rządzie Generalnego Gubernatorstwa z 28 maja 1941 roku włączył z dniem 1 czerwca 1941 tereny Witkowic do Krakowa. Wieś stała się XXXIL dzielnicą katastralną. Ponieważ dekret PKWN uznał wszystkie wprowadzone zmiany przez władze okupacyjne za nieważne, a mieszkańcy wsi chcieli pozostać mieszkańcami Krakowa, 25 października 1948 roku Rada Ministrów wydała rozporządzenie o zmianie granic miasta. Zostało ono opublikowane 18 listopada 1948 z mocą obowiązującą od 18 stycznia 1945 roku (aby utrzymać ciągłość prawną).  Gdy w 1954 roku podzielono Kraków na 6 dzielnic Witkowice znalazły się w dzielnicy Kleparz, a po kolejnej zmianie podziału administracyjnego miasta od 1 stycznia 1973 w dzielnicy Krowodrza. Wprowadzono wtedy nową numerację posesji. Gdy w 1991 roku Rada Miasta uchwaliła nowy podział administracyjny na 18 dzielnic Witkowice znalazły się na terenie IV Prądnik Biały.