Z protokołu wizytacji z 1783 roku dowiadujemy się, że w kaplicy na święto Marii Magdaleny (22 lipca) odprawiano nabożeństwo z udziałem wielu kapłanów. Według inwentarza z 1815 roku kaplica była w złym stanie. Gach był zgniły i woda niszczyła wnętrze. Zniszczoną kaplicę uwiecznił ok. 1850 roku na akwareli Bogumił Gąsiorowski. Kaplicę odbudował pod konie XIX wieku kanonik Jozefat Sobierajski. Zamówił w Poroninie ołtarz z drzewa sosnowego, który został wykonany według projektu Edgara Kovatsa i umieścił w nim sprowadzoną z Rzymu (poświęconą przez papieża Leona XIII) kopie obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Uzyskał on również pozwolenie na odprawianie w niej mszy św. Raz w miesiącu odprawiali w niej nabożeństwa księża z parafii w Zielonkach.
27 lipca 1994 roku kaplice wpisano do rejestru zabytków województwa małopolskiego pod numerem A-1032.
Dekretem kardynała Franciszka Macharskiego 25 grudnia 2000 roku została utworzona Parafia św. Magdaleny, która początkowo korzystała z kaplicy. Gdy latach 2001–2005 zbudowano nowy kościół kaplicę włączono do korpusu świątyni.