Objawy i przebieg thumb|240px|Chory na śpiączkę afrykańską w 1909 W przebiegu śpiączki afrykańskiej stwierdza się trzy fazy choroby: miejscową, uogólnioną, charakteryzującą się gorączką i powiększeniem węzłów chłonnych, neurologiczną, w której choroba opanowuje układ nerwowy i może spowodować zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i rdzenia kręgowego, wyniszczenie, śpiączkę i śmierć.
Śpiączka wywoływana przez T. rhodesiense i T. gambiense różnią się między sobą pod względem objawów i przebiegu klinicznego.
Śpiączka „rodezyjska” wywołuje ostre lub podostre zapalenie mózgu. A najczęstsze objawy to: gorączka niezbyt znaczne powiększenie węzłów chłonnych i zmiany w ośrodkowym układzie nerwowym, pojawiające się we wczesnym stadium choroby Bez leczenia do zgonu dochodzi w ciągu kilku tygodni lub miesięcy, rzadziej do ok.