W 1989 odgrywał w KO (obok Władysława Frasyniuka, Bronisława Geremka, Jacka Kuronia, Andrzeja Wielowieyskiego i Henryka Wujca) kluczową rolę w zespołach organizacyjnym i do spraw koordynacji listy kandydatów.
Na początku 1989 uczestniczył w obradach plenarnych Okrągłego Stołu jako członek zespołu do spraw reform politycznych oraz zespołu do spraw gospodarki i polityki społecznej; był wśród siedmiu liderów strony solidarnościowej. W kwietniu 1989 wraz z Andrzejem Wajdą i Aleksandrem Paszyńskim założył przedsiębiorstwo Agora, które przystąpiło w maju tego samego roku do wydawania „Gazety Wyborczej”. Nie wystartował w wyborach do Sejmu kontraktowego z czerwca 1989. Krytykował dokonany przez Lecha Wałęsę wybór Tadeusza Mazowieckiego na premiera w sierpniu 1989, opowiadając się za kandydaturą Bronisława Geremka. W marcu 1990 wystąpił przeciwko rozszerzeniu Komitetu Obywatelskiego o przedstawicieli ugrupowań politycznych przez przybyłego z Francji Zdzisława Najdera, któremu Lech Wałęsa powierzył kierowanie pracami KO. W czerwcu 1990 był już zdecydowanym przeciwnikiem przewodniczącego NSZZ „S”, poparł kandydaturę Tadeusza Mazowieckiego na prezydenta w wyborach z jesieni tegoż roku. Był współzałożycielem Ruchu Obywatelskiego Akcja Demokratyczna (ROAD) w lipcu 1990.