Papież wydał jednak na wyraźne żądanie Kapistrana przywilej posiadania przez obserwantów własnego wikariusza generalnego i wikariuszy prowincjalnych zależnych od generała i prowincjałów. Włoscy obserwanci otrzymali zaś prawo samodzielnego zwoływania własnych kapituł generalnych niezależnie od kapituł generalnych całego Zakonu. Brał aktywny udział w życiu Zakonu. W 1443 został wikariuszem zakonnej familii cismontańskiejFijałek J., Mistrz Jakub z Paradyża i Uniwersytet Krakowski w okresie soboru bazylejskiego, t. 2, Kraków 1900, s. 29.. W tym okresie ogłosił konstytucje dla obserwantów, zwane konstytucjami Góry Alwerni. Postanowił także o utworzeniu w każdej prowincji własnych obserwanckich studiów zakonnych. Zredagowana przez niego bulla papieska z 1446 ostatecznie utrwaliła autonomię obserwantów w Zakonie. Po zakończeniu kadencji wikariusza generalnego został wikariuszem prowincji Abruzji, po czym ponownie objął funkcję wikariusza generalnego obserwantów. Od maja do września 1439 Jan Kapistran przebywał w Palestynie jako wizytator tamtejszych obserwantów.