Wówczas pozyskał dla obserwantów od Stolicy Apostolskiej opiekę nad miejscami świętymi.
W 1451 na prośbę cesarza Fryderyka III wyruszył w charakterze legata papieskiego do krajów Europy środkowo-wschodniej z misją nawracania husytów i organizacji krucjaty antytureckiej.
W 1453 roku na prośbę Zbigniewa Oleśnickiego i króla Kazimierza IV Jagiellończyka, przybył do Krakowa gdzie głosił kazania na Rynku Głównym i w kościele Mariackim wzywając do pokuty i naprawy życiaMirosław Daniluk, Jan Kapistran, [w:] Encyklopedia katolicka, t. 7, s. 796–797.. W następstwie kaznodziejskiej działalności około 130 mieszkańców Krakowa zdeklarowało chęć wstąpienia do obserwanckiej gałęzi Zakonu Braci Mniejszych, dając początek nowej wspólnocie zakonnej. W 1454 roku powstał dla niej, dzięki kardynałowi Oleśnickiemu, który ofiarował miejsce pod Wawelem, klasztor i kościół pw. św. Bernardyna ze Sieny. thumb|left|200px|Ołtarz św. Jana Kapistrana z krakowskiego kość. oo. bernardynów na Stradomiu
Przebywając w Krakowie 10 lutego 1454 udzielił sakramentu małżeństwa królowi Kazimierzowi Jagiellończykowi z Elżbietą Rakuszanką. Było to spowodowane sporem pomiędzy prymasem Janem Sporowskim a kardynałem Zbigniewem Oleśnickim, co do tego, któremu z nich należy się ten przywilej.