Okres III Rzeczypospolitej 21 kwietnia 1990 na Konferencji Dorocznej Zorganizowanej w Ostródzie uchwalono zmianę nazwy z Kościół Metodystyczny na Kościół Ewangelicko-Metodystyczny w RP nawiązując do światowego nazewnictwa. W III Rzeczypospolitej stosunek Państwa do Kościoła Ewangelicko-Metodystycznego w RP reguluje ustawa z dnia 30 czerwca 1995 roku. Z innymi kościołami Kościół Ewangelicko-Metodystyczny w RP utrzymuje braterskie więzi i współpracuje na rzecz pojednania wszystkich chrześcijan.
Kościół Ewangelicko-Metodystyczny w RP należy do Konferencji Europy Centralnej i Południowej Zjednoczonego Kościoła Metodystycznego, gdzie jest jednym z 16 Kościołów tej konferencjiW skład tej konferencji wchodzą: Albania, Algieria, Austria, Bułgaria, Czarnogóra, Czechy, Chorwacja, Francja, Węgry, Macedonia Północna, Polska, Rumunia, Serbia, Słowacja, Szwajcaria i Tunezja.. Konferencja ta liczy około 33,5 tys. członków i sympatyków, a jest częścią globalnej struktury wyznania, która jest najwyższą kolegialną władzą w Kościele. Organem prasowym Kościoła jest dwumiesięcznik „Pielgrzym Polski”, który w 2014 roku ukazywał się w nakładzie 500 egzemplarzy.
W 2005 roku w wyniku rozłamu wśród polskich metodystów powstał Ewangeliczny Kościół Metodystyczny w RP zarejestrowany w roku 2017.