„Orzeł” wszedł na redę portu w Tallinnie 14 września 1939 roku przed północą pod pretekstem naprawy dużej usterki. Ze stojącego na redzie portu okrętu Kłoczkowski motorówką, w obecności porucznika Mariana Mokrskiego, został przewieziony do Dowództwa Floty Estonii, a potem do szpitala. Porucznik Mokrski wrócił na ORP „Orzeł” rankiem następnego dnia.
W ciągu dnia, po dwóch godzinach, stosowna komisja dokonała oględzin okrętu i nie stwierdziła żadnej usterki. Wkrótce potem okręt został przez Estończyków internowany i przeciągnięty do nabrzeża, ponieważ Estonia wypowiedziała rok wcześniej prawo azylu dla okrętów podwodnych i zapowiedziała internowanie okrętów walczących państw, o czym polska kadra oficerska zdawała się nie wiedzieć.
18 września udało się załodze pod dowództwem kapitana marynarki Jana Grudzińskiego wyjść z portu, uciekając z internowania. Następnie okręt do 7 października patrolował Bałtyk, po czym przedarł się przez Morze Północne do Wielkiej Brytanii, gdzie zjawił się 14 października. 23 października pięciu oficerów okrętu z kpt. Grudzińskim złożyło tam pisemne oświadczenie „w sprawie internowania okrętu w porcie estońskim Tallin w dn. 14. IX. 1939 r. spowodowanego tchórzostwem dowódcy kmdr. ppor. Kłoczkowskiego Henryka”.