W marcu 1940 roku w oparciu o to pismo w Kierownictwie Marynarki Wojennej wszczęto postępowanie przygotowawcze.
Po wyjściu ze szpitala Kłoczkowski nie został aresztowany, ponieważ pod przysięgą zobowiązał się nie opuszczać Estonii. Zamieszkał w Tartu, skąd w lipcu 1940 roku pisał do polskiej ambasady w Tallinnie z prośbami o pomoc w ucieczce lub zorganizowaniu siatki wywiadowczej działającej na rzecz aliantów w Estonii. Prośby pozostawiono bez echa na skutek telegramu admirała Jerzego Świrskiego, w którym nakazywał uniemożliwić wszelkie próby wydostania się z Estonii komandora Kłoczkowskiego.
Po anektowaniu Estonii przez ZSRR latem 1940 roku, Kłoczkowski został aresztowany i wywieziony do Moskwy, a następnie osadzony w obozie w Kozielsku. Z okresu pobytu w obozie pochodzą sprzeczne relacje na temat jego postawy. Według części z nich demonstrował sympatie proradzieckie, jednakże w zeznaniach innych świadków przypisywano mu przejawiane przed wojną sympatie proniemieckie.
W Wielkiej Brytanii – proces i dalsza służba Wrócił do służby na skutek amnestii i utworzenia Armii Polskiej na Wschodzie. Po krótkim pobycie w armii gen. Andersa na początku roku 1942 został wysłany do Wielkiej Brytanii.