Tam został w ciągu trzech dni postawiony przed Polskim Sądem Morskim w Londynie.
Zdaniem badaczy, w procesie zarzucono Kłoczkowskiemu drugorzędne przewinienia, jednocześnie tuszując te najcięższe, które mogłyby doprowadzić do skazania za ucieczkę z pola walki. Prowadzony od 16 do 20 czerwca 1942 roku proces opierał się głównie na spisanej w październiku 1939 roku relacji nieżyjących już wówczas pięciu oficerów jego okrętu, pominięto natomiast przesłuchanie niektórych spośród członków załogi, którzy nie zginęli z okrętem w 1940 roku. Proces przez współczesnych badaczy oceniany jest jako nierzetelny – sam Kłoczkowski i jego adwokat nie zostali dopuszczeni do akt, a co najmniej dwóch ławników było związanych z polskim wywiadem. Kłoczkowski ze swojej strony usiłował wpływać na świadków, żeby potwierdzali jego wersję, w tym zeznawali nieprawdę o patrolowaniu pod brzegiem Prus Wschodnich (Brüsterort). Sąd skazał go ostatecznie za naruszenie obowiązków służbowych (art. 38 kodeksu karnego wojskowego) na degradację do stopnia marynarza, usunięcie z wojska i cztery lata pozbawienia wolności.