12 stycznia 1913 został mianowany p.o. wicedyrektora Komitetu Geologicznego, a 24 lutego 1914, po śmierci T. Czernyszewa, został dyrektorem tej instytucji (nominację podpisał car Mikołaj II w dniu 28 stycznia 1915). W 1916 został wydelegowany przez rząd rosyjski do Hiszpanii i Portugalii do przebadania tamtejszych złóż wolframu i platyny. Z kolei w maju 1918 Rada Instytutu Górniczego powołała go na dwa lata na stanowisko dziekana Wydziału Geologiczno-Poszukiwawczego. Ta sama Rada odwołała go później ze składu profesorskiego Instytutu Górniczego z dniem 1 października 1919.
Na ziemiach polskich Bohdanowicz wystąpił po raz pierwszy w 1905, jako kierownik prac geologicznych w Zagłębiu Dąbrowskim. Ich celem miała być ekspertyza dotycząca występowania złóż węgla kamiennego i rud metali w tamtejszych dolomitach. W 1917 nawiązał kontakt z Polską Naradą Ekonomiczną w Piotrogrodzie. W październiku 1917 przedstawił jej rozprawę Złoża mineralne ziem polskich. W tym czasie pojawiły się też inne jego prace związane z Polską.