Na początku lat 80. XIX wieku Thomas Bright Wilson (sekretarz klubu szachowego) wraz z arcymistrzem szachowym Josephem Henrym Blackburne’em skonstruowali pierwszy zegar szachowy działający na znanych dziś zasadach. Oficjalnie zegar debiutował w 1883 r. podczas turnieju w Londynie. Z biegiem lat zegar Wilsona był ulepszany przez innych konstruktorów; szczególne zasługi na tym polu miał przede wszystkim niemiecki zegarmistrz Gustav Herzog. W 1899 r. Henrik Diderik Bernhard Meijer, szachista i wynalazca z Amsterdamu, wprowadził chorągiewkę, natomiast w 1900 r. inny Holender, Veenhoff z Groningen (imię nieznane), wprowadził charakterystyczny dla szachowego zegara system dwuguzikowego przełącznika i postać zegara analogowego znaną dzisiaj.
Pierwszy zegar elektroniczny skonstruowano w 1964 r. w Związku Radzieckim. Postęp techniki spowodował, iż w latach 70. XX wieku zegary te produkowane były już przez kilka firm europejskich, a z biegiem lat stały się coraz bardziej powszechne.