W 1799, jako jeden z pierwszych studentów, podjął studia w nowo powstałej Berlińskiej Akademii Budownictwa, której współzałożycielem był David Gilly.
Dalsza kariera W 1797 Friedrich Gilly został naczelnym nadwornym inspektorem budowlanym (niem. Oberhofbauinspektor) i dzięki stypendium ufundowanemu przez Fryderyka Wilhelma II mógł odbyć podróże po Wielkiej Brytanii i Francji, a następnie do Niemiec południowych i Austrii (1798), ze względu na wydarzenia politycznie nie mógł udać się do Włoch. Owocem tych podroży było wiele szkiców, notatek, a także tekstów zebranych jako Sammlung nützlicher Aufsätze und Nachrichten.
Po powrocie z podróży w 1798 Gilly został w wieku 26 lat profesorem Akademii Budowlanej w Berlinie, gdzie wykładał optykę i perspektywę (geometrię wykreślną). W 1799 Gilly wraz z Gentzem założył Prywatne Stowarzyszenie Młodych Architektów (niem. Privatgesellschaft junger Architekten), którego celem było przygotowywanie projektów, rozwiązywanie określonych problemów architektonicznych oraz dalsze kształcenie się.