Anny w Warszawie. Prowadził tam konwersatoria przede wszystkim dla studentów medycyny. Organizował dla nich rekolekcje. W kaplicy Res Sacra Miser przy Krakowskim Przedmieściu odprawiał comiesięczne nabożeństwa dla średniego personelu medycznego. Początkowo uczestniczyło w nich niewiele osób, ale w krótkim czasie msze te stały się bardzo popularne. Do kaplicy przychodziło coraz więcej osób. W oparciu o te osoby Popiełuszko zorganizował opiekę sanitarną w czasie dwóch pielgrzymek papieża Jana Pawła II do Polski. Praca duszpasterska w kościele św. Anny okazała się zbyt wyczerpująca i został przeniesiony jako rezydent 20 maja 1980 do kościoła św. Stanisława Kostki. Jako rezydent prowadził duszpasterstwo średniego personelu medycznego. W październiku 1981 został mianowany diecezjalnym duszpasterzem służby zdrowia i kapelanem Domu Zasłużonego Pracownika Służby Zdrowia. Dla pensjonariuszy sprawował msze św. w kaplicy, którą sam po części urządził.
W latach 1974–1976 był studentem Studium Pastoralnego Instytutu Teologii Pastoralnej Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego [data dostępu 2016-01-21]..