W 1978 został duszpasterzem środowisk medycznych w Warszawie.
Już jako alumnowi seminarium 15 listopada 1965 roku Służba Bezpieczeństwa założyła Jerzemu Popiełuszce Teczkę Ewidencji Operacyjnej na Księdza (TEOK) gdzie zbierano dokumenty związane z jego działalnością duszpasterską. 25 marca 1974 będąc wikariuszem w parafii pw. św. Trójcy w Ząbkach został operacyjnie zabezpieczony przez Pion IV KPMO w Wołominie. 17 kwietnia 1974 zmieniono charakter zainteresowania na kandydata na tajnego współpracownika Służby Bezpieczeństwa. 30 czerwca 1975 materiały wyrejestrowano. 30 czerwca 1975 teczka kandydata na TW SB założona ks. Jerzemu Popiełuszce została przekazana przez Pion IV KPMO w Wołominie do Wydziału IV KSMO. Materiały zdjęto z ewidencji dn[ia] 4.05.82 z powodu odmowy współpracy. Od 2 września 1982 roku Wydział IV KSMO/SUSW rozpoczął rozpracowywanie Jerzego Popiełuszki w ramach Sprawy Operacyjnego Rozpracowania o krypt. „Popiel”. Był również objęty inwigilacją w ramach Sprawy Kontrolnej krypt. „Godot” prowadzonej przez Wydział I Departamentu IV MSW prowadzonej przeciwko ks. Stanisławowi Małkowskiemu. Zebrane materiały zostały po śmierci ks. Popiełuszki zarchiwizowane w Biurze „C” MSW, zostały prawdopodobnie wybrakowane przed 1990 r.