W kampanii wrześniowej walczył na stanowisku I adiutanta 72 pułku piechoty. W nieznanych okolicznościach, po agresji ZSRR na Polskę, dostał się do niewoli sowieckiej i został osadzony w Obozie NKWD w Starobielsku. Wiosną 1940 został zamordowany przez funkcjonariuszy NKWD w Charkowie i pogrzebany w bezimiennej mogile zbiorowej w Piatichatkach, gdzie od 17 czerwca 2000 mieści się oficjalnie Cmentarz Ofiar Totalitaryzmu w Charkowie. Figuruje na tzw. liście Gajdideja pod pozycją 453. Grób symboliczny znajduje się na Cmentarzu Salwatorskim w Krakowie (sektor SC3, rząd 8, nr grobu 18).

Był żonaty z Anielą z Białowąsów (1901–1950), nauczycielką, z którą miał dwóch synów: Andrzeja (1926–2016), reżysera, i Leszka (1927–2015), scenografa. mały|Grób symboliczny Jakuba Wajdy na Cmentarzu Salwatorskim. Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Virtuti Millitari nr 14254 – 29 września 1939 „za wykazane męstwo i poświęcenie z narażeniem życia” Srebrny Krzyż Zasługi – 19 marca 1937 „za zasługi w służbie wojskowej”. Medal Pamiątkowy za Wojnę 1918–1921 Medal Dziesięciolecia Odzyskanej Niepodległości Brązowy Medal za Długoletnią Służbę Odznaka Pamiątkowa Więźniów Ideowych 2 marca 1936 i 20 grudnia 1937 Komitet Krzyża i Medalu Niepodległości odrzucił wniosek o nadanie mu tego odznaczenia „z powodu braku pracy niepodległościowej”.