Upamiętnienia 5 października 2007 minister obrony narodowej Aleksander Szczygło mianował go pośmiertnie na stopień majoraDecyzja Nr 439/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 5 października 2007 w sprawie mianowania oficerów Wojska Polskiego zamordowanych w Katyniu, Charkowie i Twerze na kolejne stopnie oficerskie. Decyzja nie została ogłoszona w Dzienniku Urzędowym MON.. Awans został ogłoszony 9 listopada 2007 w Warszawie, w trakcie uroczystości „Katyń Pamiętamy – Uczcijmy Pamięć Bohaterów”.
Przy Publicznym Gimnazjum im. ks. Zdzisława Jastrzębiec Peszkowskiego w Belsku Dużym w dniu 15 kwietnia 2010 r., z okazji 70. rocznicy zbrodni katyńskiej, posadzono 6 Dębów Pamięci upamiętniających ofiary zbrodni, pochodzące z okolicznych regionów, wśród nich kpt. Jakuba Wajdę. W Radomiu na dawnym domu oficerskim, mieszczącym się przy ul. Malczewskiego, dnia 14 października 2011 r. odsłonięto pamiątkową tablicę, poświęconą kpt. Jakubowi Wajdzie. Odsłonięcia dokonali jego synowie Andrzej i Leszek.
Jakubowi Wajdzie został poświęcony jeden z odcinków filmowego cyklu dokumentalnego pt.