Zniszczono jednak zamek w Kwidzynie. W 1264 Krzyżacy spacyfikowali Sambię, wznieśli nowy gród na granicy z Natangią, w Tapiawie.
Druga faza powstania 1265-1273 Począwszy od 1265 układ sił zaczął zmieniać się na korzyść Zakonu. Niemożność zdobycia warowni zakonu spowodowała załamanie się pospolitego ruszenia Prusów i przechylenie szali zwycięstwa na stronę Krzyżaków. Papież Klemens IV ogłosił nową wyprawę krzyżową do Prus. Jesienią 1265 roku przybył do Królewca książę brunszwicki Albrecht I Wielki, i landgraf Turyngii Albrecht II Wyrodny. W roku następnym przybył margrabia brandenburski Otton III, który założył gród Brandenburg (Pokarmin). Gród został zniszczony przez przywódcę Warmów, Glappo, ale margrabia odbudował go ponownie. Na przełomie lat 1267/1268 w walkach wziął udział po raz drugi Przemysł Ottokar II, król czeski, jednak wobec braku sukcesów, zawrócił on do kraju. Walki przybrały charakter podjazdowy. Ziemia chełmińska i Pomezania, będące ostoją krzyżackiej okupacji, stały się celem napadów ze strony Bartów i Jaćwięgów. Podczas jednej z wypraw zginął przywódca Bartów, Dziwan (1271). Ostateczną klęskę powstania przypieczętowało przybycie margrabiego miśnieńskiego, Dytryka II, który spustoszył Natangię. W roku 1273 polegli w walce przywódca Natangów, Monte, i przywódca Warmów, Glappo.