Ogółem w sezonie 2004/2005 Almunia rozegrał 16 spotkań we wszystkich rozgrywkach.
W sezonie 2005/2006 Almunia nie wystąpił w żadnym ligowym spotkaniu, natomiast zagrał w pięciu z sześciu meczów fazy grupowej Ligi Mistrzów. Finałowe spotkanie przeciwko FC Barcelona rozpoczął na ławce rezerwowych, jednak w 18. minucie spotkania Jens Lehmann otrzymał czerwoną kartkę, więc wszedł na boisko zmieniając Roberta Pirèsa. Pod koniec pierwszej połowy Samuel Eto’o trafił w słupek jego bramki, zaś w 76. minucie meczu Almunia skapitulował. Wynik spotkania na 2:1 ustanowił Juliano Belletti.
W następnym sezonie Almunia wystąpił w jednym ligowym spotkaniu, 12 listopada zagrał w wygranym 3:0 meczu z Liverpoolem. 25 lutego 2007 roku wystąpił od pierwszej minuty w finałowym spotkaniu Pucharu Ligi z Chelsea. Jego drużyna przegrała ten mecz 2:1. Poza tym wystąpił w pięciu meczach Pucharu Anglii i sezon zakończył z 14 meczami we wszystkich rozgrywkach.