Gdy Lehmann odniósł kontuzję, Almunia wystąpił za niego w otwierającym sezon spotkaniu z Manchesterem City. Podczas nieobecności Lehmanna, Hiszpan był do października podstawowym zawodnikiem Arsenalu. Jego występy w tych we wrześniu i października doprowadziły do tego, że stał się pierwszym bramkarzem w drużynie. 23 października 2007 Lehmann publicznie oznajmił swoje niezadowolenie z powodu bycia zmiennikiem Almunii.
22 grudnia Almunia w wygranych 2:1 derbach północnego Londynu z Tottenhamem Hotspur obronił rzut karny wykonywany przez Robbiego Keane'a, czym pomógł odnieść zwycięstwo swojej drużynie. 3 kwietnia 2008 roku podpisał nowy długoterminowy kontrakt z Arsenalem. Ogółem w sezonie 2007/2008 wystąpił 29 razy w meczach Premier League.
Po odejściu w lecie 2008 Lehmanna do VfB Stuttgart Almunia otrzymał koszulkę z numerem 1 (poprzednio miał 24) i sezon rozpoczął jako pierwszy bramkarz Arsenalu. Jego stary numer otrzymał włoski bramkarz - Vito Mannone. 21 października w wygranym 5:2 wyjazdowym spotkaniu Ligi Mistrzów z Fenerbahçe SK po raz pierwszy został kapitanem swojej drużyny. Drugi raz pełnił tę rolę był w przegranym 3:0 spotkaniu z Manchesterem City, który odbył się 22 listopada.