Problemy wynikające z różnic thumb|Tablica w Baarle upamiętniająca m.in. polskich żołnierzy walczących o wieś Mimo daleko posuniętej współpracy, w Baarle funkcjonują różnice wynikające z odmiennych przepisów w Holandii i Belgii. Podczas pomoru świń w 1997 r. władze niderlandzkie zakazały transportu tych zwierząt. Zakaz ten nie był ważny na terytorium Belgii ani dla jej obywateli. Jednak kiedy obywatel Belgii próbował przewieźć świnie do rzeźni na terytorium Belgii, został zatrzymany przez władze holenderskie i z tego powodu poniósł pokaźne straty.
Inny przypadek dotyczył pewnego obywatela holenderskiego aresztowanego przez belgijską policję w Baarle-Hertog i przetransportowanego do więzienia w belgijskim Turnhout we wczesnych latach 80. XX w. Areszt był uprawniony, ponieważ odbywał się na terytorium belgijskim. Aby doprowadzić podejrzanego do zakładu karnego, policja musiała przetransportować go przez terytorium Holandii, bowiem tędy prowadziła jedyna droga do więzienia. Podejrzany twierdził przed sądem, że jego transport przez teren Holandii był niezgodny z prawem i naruszał holenderską suwerenność. Sąd skargę jednak oddalił.