W 1883 roku ofiarował swój obraz Jan Sobieski pod Wiedniem papieżowi Leonowi XIII, który z wdzięczności uhonorował go Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Piusa IX.
Działalność konserwatorska i pedagogiczna mały|Juliusz Mien, Jan Matejko wsparty o balustradę, 1891, Muzeum Narodowe w Krakowie mały|Juliusz Mien, Jan Matejko w pracowni, siedzący w fotelu z orłem w zaplecku, 1892, Muzeum Narodowe w Krakowie Matejko angażował się w działalność konserwatorską. Miał wpływ na ratowanie zabytków Krakowa. Uczestniczył w pracach komisji konserwatorskich podczas odnawiania gotyckiego ołtarza Wita Stwosza w kościele Mariackim (1867–1869), restauracji gmachu Sukiennic (1875–1879), zamku na Wawelu (1886) oraz Kościoła Mariackiego (1889). Brał udział w pracach naukowo-badawczych oraz wykonywał rysunki inwentaryzacyjne podczas otwarcia w katedrze wawelskiej grobów: Kazimierza Wielkiego (1869), królowej Jadwigi (1887) i kardynała Oleśnickiego (1887). Uczestniczył w pracach komisji nad stworzeniem ustawy o konserwacji zabytków.