Według projektu Matejki w latach 1889–1891 wykonana została polichromia wnętrz kościoła Mariackiego.
Wykształcił wielu malarzy. Najważniejszymi jego uczniami byli Józef Mehoffer, Stanisław Wyspiański, Jacek Malczewski i Leon Wyczółkowski, czołowi przedstawiciele polskiego modernizmu.
Życie prywatne mały|Jan Mieczkowski, Jan Matejko z żoną Teodorą i córką Heleną, 1877, Muzeum Narodowe w Krakowie mały|Jan Matejko, Portret dzieci artysty, 1879, Lwowska Galeria Sztuki