Matka cara, caryca-wdowa Maria Fiodorowna domagała się usunięcia Francuza z dworu, jednak Mikołaj II nie był w stanie odmówić ukochanej żonie zgody na kurację, w której pokładała ogromne nadzieje. Philippe zapewniał, że układ gwiazd gwarantuje narodzenie chłopca, jednak w 1901 na świat przyszła zamiast niego czwarta córka pary carskiej, Anastazja. Skompromitowanego Francuza zastąpił najpierw jurodiwy imieniem Dymitr, następnie zaś chora na padaczkę kobieta, Daria Osipowa, którą wielkie księżne uważały za prorokinię. Wreszcie para carska udała się na wielodniowe samotne modlitwy przy grobie świętego Serafina Sarowskiego. Mikołaj II był przekonany, że to wstawiennictwo świętego sprawiło, że piąta ciąża Aleksandry Fiodorowny zakończyła się przyjściem na świat następcy tronu.

Aleksy urodził się w pałacu carskim w Peterhofie. Był piątym dzieckiem Mikołaja II i Aleksandry Fiodorowny i ich jedynym synem. Miał cztery starsze siostry, wielkie księżne: Olgę, Tatianę, Marię i Anastazję. Zgodnie z panującym prawem sukcesyjnym został automatycznie następcą tronu, a jego narodziny zostały obwieszczone społeczeństwu przez oddanie 300 wystrzałów w powietrze z twierdzy Pietropawłowskiej.