W roku 1933, po dojściu do władzy nazistów (III Rzesza), Wilhelm Furtwängler zaczął popadać w konflikty z „nowym prądem”, sprzeciwiając się m.in. usunięciu z orkiestry muzyków pochodzenia żydowskiego. W roku 1934 po zakazaniu przez nowe władze światowej premiery opery (Mateusz malarz) Paula Hindemitha, Furtwängler ustąpił ze stanowiska głównego dyrygenta orkiestry Berlińskich Filharmoników - powrócił rok później jako dyrygent (bez oficjalnego stanowiska). Nie zdecydował się na opuszczenie Niemiec, jak uczyniło wiele innych osób. Jego decyzja o pozostaniu na stanowisku szefa Berlińskich Filharmoników była mocno krytykowana.
W 1944 jego nazwisko znalazło się na liście Gottbegnadeten-Liste (Lista obdarzonych łaską Bożą), wśród Niezastąpionych. Wielokrotnie koncertował również z innymi niemieckimi orkiestrami, także na terenach okupowanych (np. w Paryżu). Zawsze jednak próbował zachować niezależność artystyczną i z reguły unikał angażowania się w wielkie przedsięwzięcia propagandowe, czego przeciwieństwem jest młodszy dyrygent, lojalny wobec władzy Herbert von Karajan. Z tym dyrygentem, ze względu zarówno na postawę życiową, jak artystyczną, Furtwängler pozostał skłócony do końca życia.