Pod koniec 1944 roku, kiedy administracyjna ochrona zapewniona Furtwänglerowi przez wysokich funkcjonariuszy (Baldura von Schiracha, Alberta Speera) zaczęła się uginać pod naciskami Goebbelsa chcącego awansować ambitnego i posłusznego Karajana, Furtwängler zdecydował się na wyjazd do Szwajcarii. Po zakończeniu działań wojennych wrócił do Niemiec.
Po II wojnie światowej został oskarżony o współdziałanie z partią nazistowską, sąd jednak oczyścił go z zarzutów. Mimo tego wyroku USA zakazały Furtwänglerowi działalności koncertowej na swoim terytorium. Dyrygent osiadł w Szwajcarii. Koncertował z sukcesami w Bayreuth, Rzymie, Londynie, Salzburgu i Sztokholmie. Dużo nagrywał. Od 1947 (formalnie od 1952) powtórnie dyrygent Berlińskich Filharmoników, jednak stan jego zdrowia coraz częściej uniemożliwiał mu pracę dyrygenta. Zmarł w roku 1954 w Baden-Baden. Jego następcą został Karajan.
Osiągnięcia Trudno nie docenić jakości dokonań Furtwänglera na polu dyrygentury i pracy z orkiestrą. Jego wpływ na bezpośrednie audytorium i na ludzi którzy słyszeli jego wykonania był ogromny.