Ukształtowanie terenu Obszar zajmowany przez Puszczę jest falisty, pokryty licznymi wzgórzami morenowymi, które nie układają się w typowe ciągi morenowe, co bardzo utrudnia gospodarkę rolną. Prawdopodobnie właśnie dzięki temu zachowały się tu pod lasami duże obszary gleb żyznych, będące siedliskami grądów. Wiele wzniesień Puszczy Boreckiej przekracza wysokość 200 m n.p.m. Najwyższym z nich jest Lipowa Góra (223 m n.p.m.). Pagórki pooddzielane są siecią bezodpływowych, zabagnionych obniżeń. W tych obniżeniach można spotkać wysokie i przejściowe torfowiska. W dolinach między pagórkami płyną również okresowe i całoroczne strumyki. Oprócz tych niewielkich zbiorników wodnych na terenie Puszczy znajdują się też liczne malownicze jeziora: Szwałk Wielki (217 ha), do którego dopływa Czarna Struga, Piłwąg (152 ha), Haszno (Łaźno, 605 ha), Litygajno (173 ha), Szwałk Mały (70 ha), Ciche (19 ha).